По писцовой книге 1676 года деревня называлась Фолинское. Она входила в состав прихода Кубовского погоста, и в ней числилось два крестьянских двора. Сам Погост Кубовский существовал уже в начале XVII столетия. В писцовых книгах 1629-39 годов сообщается, что на нем имелась ветхая деревянная церковь во имя пророка Илии, построенная на средства священника, и другая, новая, церковь, также во имя святого пророка Ильи с приделом во имя преподобного Сергия Радонежского, построенная прихожанами. Упоминается и причт церкви: поп Федор, дьякон, пономарь и просвирня.

В той же писцовой книге за 1676 год говорится, что при церкви во имя святого пророка Ильи  был двор попа Василия. Приход состоял из деревень Нехаева, в которой насчитывалось 8 дворов крестьянских и 6 бобыльских, Турловка с 40 дворами крестьянскими и 2 бобыльскиими, Кожанка с 5 дворами крестьянскими и 2 бобыльскими, Фолинская с 2 крестьянскими дворами,  Шадрина, в которой был 1 двор приказчиков, 17 дворов крестьянских и 2 бобыльских, Юсупова с двором помещиков, 5 крестьянскими и 2 бобыльскими дворами,  Шишкина с 5 дворами крестьянскими, Черновское с 15 крестьянскими и 2 бобыльскими дворами. Впоследствии деревня Шадрино в приходе не упоминается,  а деревня Фолинская стала именоваться – Филинское.

В пользу причта Кубовского погоста в 1702 года княжна Мария Васильевна Мещерская пожертвовала землю. Всего же в 1870 году земли у Кубовского погоста значилось 92 десятины 924 сажен, в том числе неудобной – 7 десятин.

По расписанию приходов и причта Владимирской епархии от 7 апреля 1873 года в Кубовском приходе значилась деревянная Троицкая церковь, где числилось приходских душ мужского пола 655 человек, в том числе в деревнях Черновское – 245, Юсупова – 73, Филинское – 79, Нехайка – 122, Шишкино – 68, Турлово – 129, Кожанка – 38. В причте состояли священник Алексей Успенский, дьякон Маркел Минервин, пономарь Алексей Закомельский и сверх штата дьячок Яков Херсонский. В 1885 году количество прихожан мужского пола было 710 душ, а в причте состояли священник и дьякон.

По описаниям приходов за 1896 год в Погосте Кубово действовала церковно-приходская школа, в которой было 53 учащихся. В селе Черновском имелась земская школа в которой обучалось 17 человек. В 1896-1918 годах в Кубовском приходе священником был Николай Лавров, дьяконами — Александр Капацинский и Лев Касторский, псаломщиками — Федор Пакатов, Александр Чижов, Херсонский.

В конце XIX — начале XX века деревни Филинское и Кожинка входили в состав Новосельской волости, деревни Нехайка, Турлово и Кубов погост — в состав Монаковской волости Муромского уезда Владимирской губернии.

В годы Советской власти из Кубовского погоста к Вачскому району отошли селения: Черновское, Шишкино, Юсупово, Филинское.

В 1926 году в деревне Филинское числилось 62 двора, в Кожинке — 29, в Нехайке — 76, в Турлово — 62.

В 30-е годы XX века в селе Кубово Вачского района Нижегородской области проживал священник Троицкой церкви Павел Александрович Лебедев, который был арестован 12 апреля1932 года и приговорен к 3 годам исправительно-трудовых лагерей. Отец Александр умер в заключение 19 августа 1933 года. Деревянный храм во имя Живоначальной Троицы был разобран.

С 1929 года деревня Филинское являлась центром Филинского сельсовета Вачского района Горьковского края, с 1936 года — в составе Горьковской области, с 2009 года — в составе Филинского сельсовета.